Led, oheň a hrátky s E. coli

Naštěstí „kalamita“ přešla zhruba za týden, vyjma pár dní, kdy lehký poprašek sněhu chvíli tkvěl na silnicích, než ho všudypřítomná vlhkost přijala za svůj. Brzy zase začalo staré známé deštivé počasí. Nevydrželo však tak dlouho, jak tomu doposud bývalo. Rovnou po dokončení zkoušek přišlo téměř tropické počasí. Bylo slunečno celé týdny v kuse, i když byly dvě deštivé bouře mezi tím. Dokonce jsem se i zvládl několikrát na slunci pořádně spálit. Ve chvílích bylo na slunci až 30 °C! Teď už je téměř červenec a připadám si tu skoro jako v Itálii spíše než jako v pochmurném městě, kterým Glasgow, společně se spousty jinými britskými městy, tak často je.

Vlna slunečného počasí mě zachytila těsně před začátkem mojí šestitýdenní stáže v laboratoři doktora Briana Smitha. Měl jsem pouze poslední týden na to, abych si užil nezvyklé teplo, než jsem začal pracovat každý den na svém projektu v klimatizované laboratoři. Zážitek, o kterém jsem léta snil a na který jsem se tolik těšil, byl příliš krátký, ale budu na něj dlouhá léta vzpomínat.

Cílem mého celkem ambiciózního projektu, který je nejspíš pro obyčejného studenta druhého ročníku univerzity i nemožné dokončit v tak krátkém časovém úseku, bylo se pokusit zkoumat chemické interakce mezi dvěma bílkovinami (CLF a EMF2) z většího bílkovinného komplexu (PRC2) pomocí NMR spektroskopie. Tyto dvě zmíněné bílkoviny by se celkem jednoduše získaly tím, že by se nejdříve nechaly vyrůst bakteriální „schránky“ pro žádané plazmidy (vedlejší cirkulární DNA v některých bakteriích, v tomto případě kódující CLF a EMF2). Plazmidy by se pak vyňaly a přetransformovaly do jiné linie bakterií, která by byla lépe schopná bílkoviny podle plazmidů tvořit ve větším měřítku. Bílkoviny by se potom mohly purifikací z bakterií získat a mohla by se blíže zkoumat jejich chemická interakce v roztoku.

I když se zprvu zadání zdálo docela jednoduché, jeho obtížnost značně vzrostla díky mé nekompetenci a Murphyho zákonu. Hned druhý den jsem vskutku hloupě zvládl zničit jak roztok s bakteriálními „schránkami“, tak plastové tubičky, ve kterých roztok byl – to vše místo toho, abych z nich izoloval plazmidy. Při izolaci mělo docházet k centrifugaci roztoku nejprve na 5000, a pak dokonce na 13000 rotací za minutu (rpm). Věřil jsem třeťákovi, který byl v laboratoři se mnou, když mi řekl, že můžu roztok zanechat v 30 ml ampulkách s tenkými platovými stěny místo toho, abych jej přemístil do 1.5 ml Eppendorfových tubiček. Ampulky přežily pět minut na 5000 rpm bez problému, a tak jsem se je po nějaké době dal centrifugovat na vyšší nastavení. Mylně jsem se nezamyslel nad tím, jak vlastně tenké stěny ampulek přežijí takový tlak, a jako třešničku na vrch jsem ani nevěděl, že má centrifuga nastavitelnou chladící schopnost – ta byla samozřejmě zapnutá. O pět minut později, cítiv pach E. coli, jsem zastavil centrifugu. Mírná vlhkost vzduchu způsobila, že víko v záporných stupních přimrzlo na buben se vzorky, a jakýkoliv pokus ho odšroubovat by zničil motor. Proto jsem opatrně odšrouboval buben z centrifugy, která nejspíš stála víc než celé mé ubytování na rok, a konečně jsem zvládl vyvinout dostatečnou sílu na to, abych víko odšrouboval. S hrůzou jsem zjistil, že z ampulek zbyly jen vlhké střepy a ohnutá, leč celá, plastová víka.

Nakonec jsem se zvládl přiblížit k dokončení projektu (do dvou týdnů by byl hotov), vypršel mi však čas. Přesto mi přišlo, že množství znalostí, které mi stáž dala, bylo na pouhých 6 týdnů neobvykle velké a jsem opravdu vděčný, že mě Brian přijal jako stážistu. Příští rok se pokusím o druhou stáž a se štěstím budu tentokrát mít lepší výsledky.